Die Behandlung einer Chlamydieninfektion erfolgt mit Antibiotika. Die meisten Präparate (beispielsweise Doxycyclin, Makrolidantibiotika oder Chinolone) werden über einen Zeitraum von 7 bis 10 Tagen verabreicht.
Nach Verstreichen dieser Behandlungsdauer sind eventuell vorhandene Symptome verschwunden, und die Bakterien lassen sich bei einem erneuten Chlamydien Test nicht mehr nachweisen.
Da die Wahrscheinlichkeit sehr hoch ist, dass auch Partner oder Partnerin Träger der Bakterien sind, strebt man in der Regel eine Partnerbehandlung an. Nur damit lässt sich garantieren, dass nach erfolgreicher Behandlung nicht sofort wieder eine neue Ansteckung erfolgt.